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为首的东林党当年在国本之争中反对前任福王朱常洵立储，害怕他的儿子秋后算账，所以倾向于拥立同样避祸淮安的潞王朱常涝。
打定主意，钱谦益派人前去对潞王致以诚挚的慰问，然后邀请他马上到南京就任南明王朝皇帝。潞王正要说声谢谢，来人又笑眯眯地说，不过在这之前您要先掏15万两白银。潞王蒙了，当皇帝还要掏钱?而且15万未免太多了吧?于是，他们就开始砍价，结果潞王实在没钱，买卖告吹。
钱谦益在这边和潞王扯皮，另一边的凤阳总督马士英则展开行动，纠集大批军阀拥立福王成功。崇祯十七年五月十五日，福王在南京登基称帝，年号弘光。
投降清朝，晚节尚保
南明政权从诞生的一刻起，就内讧不断，腐败如前，彻底继承了晚明的一切恶习。在清朝的打击下，弘光皇帝在位不满两年就成为阶下囚，身首异处。
钱谦益投降清朝后，清政府看中他的辈份和资历，于顺治三年(1646年)正月下诏封他为礼部侍郎管秘书院事，并兼任《明史》副总裁。
在清朝中央供职的时间里，钱谦益目睹了满人的嗜杀本性和无数汉人志士 宁死不降，再加上别人对他绵绵不断的羞辱和耻笑，使他内心所剩不多的良心开始觉悟。当年六月，他就称病回家，秘密投身于反清复明的洪流之中。譬如顺治三年冬，好友黄毓祺反清起事，急需钱粮，希望他能慷慨解囊。钱谦益二话没说，马上照办。不料事情败漏，钱谦益被捕入狱。出狱后，他“贼心不死”，又从顺治七年起，多次冒险赶赴金华，策反总兵马进宝。此间，他多次入狱，但始终不改其志。在行动之外，他还用自己的笔鞭挞满人，咒骂其为“奴”、“虏”、“杂种”等等，大力颂扬抗清志士的英勇事迹，与之前那个贪生怕死的钱谦益判若两人。
公元1664年，钱谦益病死家乡，身后留下《初学集》、《有学集》等多部著作，被黄宗羲、顾炎武等尊为“文章宗主”。说到底，他最在行的还是做学问。