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头，因疽发卒于舟中。但更令人信服的说法是，方以智行至惶恐滩头，想起前朝文天祥事迹，自沉于惶恐滩以殉国。
还有一种说法，说方以智是反清复明组织“天地会”的创始人，这也是他康熙十年被捕的原因。
方以智忠诚如斯，在著述方面更是有惊人的成就，其传世者以《通雅》五十二卷、《物理小识》十二卷、《药地炮庄》九卷为最有名。其中《物理小识》辑录了各种学科的大量知识，涉及光学、电学、磁学、声学、力学诸多方面，与西方科学家的发现发明大体都在同一时间，有的甚至还提前了半个世纪。
《四库全书总目》称《物理小识》“考证奥博，明代罕与伦比”。《物理小识》传入日本后，日本学者评价为“牛顿之前、中国可以自豪”的关于自然科学的百科全书著作。
方以智撰有多种医学著作，通过传教士的交往，还了解了西医之解剖学，并撰文介绍给国人。
愤而离开南明小朝廷后，浪迹天涯，一度以卖药为生--如果方以智不再继续反清，晚年潜心著述，不过问政治，不冒着危险组织天地会，像黄宗羲他们那样专心著述，那么“明末清初三大思想家”，也许就会变成“四大思想家”了。
忠孝双全，矢志不渝，方以智可称是明末的完人。
其父方孔炤，官至三品，通医学、地理、军事，并且较早地接触西学，主张研习经世致用的知识，任湖广总督时，在剿匪中八战八捷，立下赫赫战功，张献忠诈降时，他竭力反对，8次上书，力陈招抚策略的错误，上司均未采纳，崇祯十二年，张献忠反叛时，杨嗣昌反借此劾方孔炤，以贻误军机之名，逮捕下狱，后经方以智以血书诉冤，才得以从轻处理，遣戍绍兴。
方家父子都是忠臣，能臣，可惜都没有被重用。
朱慈烺脑子里瞬间想到了很多，有点走神，竟然忘记让方以智平身了。
方以智一直保持不动。